Masjid Raya Ganting perketat protokol kesehatan saat penerapan PPKM Mikro di Kota Padang. Pengurus masjid  melakukan pembatasan jumlah jamaah dan pengunjung agar penyebaran virus Covid-19 di lingkungan masjid dapat dihindari. Diterapkannya PPKM Mikro di Kota Padang, sejumlah masjid perketat protokol kesehatan agar dapat mengurangi penyebaran virus Covid-19. Masjid Raya Ganting menyiapkan alat pendeteksi suhu dan membagikan masker kepada jamaah yang ingin beribadah di masjid.

Pengaturan jarak shaf juga dilakukan serta pembatasan jamaah hanya dari komunitas masyarakat sekitar. Pengurus masjid mendukung penuh kebijakan PPKM Mikro di Kota Padang agar dapat memutus mata rantai penyebaran Covid-19. Pengurus masjid menghimbau masyarakat agar dapat memastikan kondisi tubuh  sebelum memutuskan untuk beribadah ke Masjid Raya Ganting. Hingga saat ini belum ada pembatasan untuk pengunjung yang ingin berwisata di masjid sekaligus cagar budaya bersejarah ini.